Em praticamente todas as instalações de OTRS, encontramos acentuações com problema quando geramos relatórios a partir do menu estatísticas do OTRS e abrimos as mesmas (em formato CSV) no Microsoft Excel.
 

Customizando o OTRS

Caso a pasta Custom não esteja criada, devemos criá-la com o seguinte comando:
sudo mkdir -p /opt/otrs/Custom/Kernel/Modules

Copie então os arquivos abaixo para o local indicado a frente:
sudo cp /opt/otrs/Kernel/Modules/AgentStats.pm  /opt/otrs/Custom/Kernel/Modules/

Caminho do arquivo na versão do OTRS 5.
/opt/otrs/Kernel/Output/HTML/Statistics/View.pm


Em seguida, altere o arquivo /opt/otrs/Custom/Kernel/Modules/AgentStats.pm nas linhas abaixo:

-------------------------------
use Kernel::System::PDF;
------------------------------
para
-------------------------------
use Kernel::System::PDF;
use Encode;
-------------------------------

e as linhas
-------------------------------
            return $Self->{LayoutObject}->Attachment(
                Filename    => $Filename . '.csv',
                ContentType => "text/csv",
                Content     => $Output,
            );
 
-------------------------------
para
------------------------
            return $Self->{LayoutObject}->Attachment(
                Filename    => encode("iso-8859-1",$Filename) . '.csv',
                ContentType => "text/csv",
                Content     => encode("iso-8859-1",$Output),
            );
 
-----------------------


Reinicie o servidor Apache (principalmente se estiver rodando em Windows).

Use o comando no Ubuntu:
sudo /etc/init.d/apache2 reload

No CENTOS, use o comando abaixo:
sudo /etc/init.d/httpd reload


Customizando na interface do Cliente na geração de relatórios.

sudo cp /opt/otrs/Kernel/Modules/CustomerTicketSearch.pm  /opt/otrs/Custom/Kernel/Modules/

Alterar a linha:
--------------------------
use strict;
use warnings;
--------------------------
Para:
--------------------------
use strict;
use warnings;
# COMPLEMENTO
use Encode;
--------------------------

Após isso, localizar as linhas abaixo:
--------------------------
return $Self->{LayoutObject}->Attachment(
Filename    => $CSVFile . "_" . "$Y-$M-$D" . "_" . "$h-$m.csv",
ContentType => "text/csv; charset=" . $Self->{LayoutObject}->{UserCharset},
Content     => $CSV,
--------------------------
E alterar para:
--------------------------
return $Self->{LayoutObject}->Attachment(
Filename    => encode("iso-8859-1",$CSVFile . "_" . "$Y-$M-$D" . "_" . "$h-$m.csv"),
ContentType => "text/csv",
Content     => encode("iso-8859-1",$CSV),
--------------------------

Após realizar as alterações dar um reload no serviço do apache. 
Use o comando no Ubuntu:
sudo /etc/init.d/apache2 reload

No CENTOS, use o comando abaixo:
sudo /etc/init.d/httpd reload